“部会”重定向至此。关于“部会”一词的广泛用法，请见“部”。中华民国的中央行政机关共分为四级，以行政院为首，下设35个机关[注 1]，通称部会，是中华民国政府首要的组成部分；其中行政院负责统辖各中央行政机关，被视为中华民国的内阁，行政院院长则等同于内阁总理。行政院院长由总统任命；而行政院副院长、各部会首长及政务委员，由行政院院长提请总统任命之，推行各项政务；总统向全体国民负责，行政院正副院长及部会首长则向立法院负责。
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概述
中华民国采用独有的五权分立体制，来划定政府部门的功能与业务，与世界多数民主国家采用的三权分立制度有所差异，这也导致中华民国的中央政府部门，并非全部属于行政院（行政部门）管辖，目前非隶属于行政院的中央政府部门共有7个：中研院（隶属总统府）、国史馆（隶属总统府）、国安局（隶属国安会）、考选部（隶属考试院）、铨叙部（隶属考试院）、保训会（隶属考试院）、审计部（隶属监察院），跟多数国家的中央政府部门均归类于行政部门的常态亦不相同。由于中央行政机关均由行政院管辖，因此在中央层级法律中，多以“行政院”来代称所有的中央行政机关，如《行政院功能业务与组织调整条例》。
行政院之下通常设置部来负责各领域的政务，跨领域的政务（如民族事务、中国大陆事务、国家产业发展等）则多设置委员会；部与委员会之下可再设局、署等机关以处理技术性或专门性业务，两者的差异在于“局”为单纯的业务执行机关，“署”则有自行规画政策的权力。截至2025年9月，行政院所属之中央政府部门，共有15部、9会、1委员会、3独立机关、4其他机构以及3个三级的独立机关，未来将逐步改组为15部、9会、3独立机关、4其他机构以及2个三级的独立机关[注 1]，总计33个机关。
在中央行政机关之中，共有中央选举委员会、公平交易委员会、国家通讯传播委员会等3个二级机关，以及国家运输安全调查委员会、不当党产处理委员会、核能安全委员会等3个三级机关为“独立机关”。依照《中央行政机关组织基准法》第三条第二款之规定，独立机关系指“依据法律独立行使职权，自主运作，除法律另有规定外，不受其他机关指挥监督之合议制机关”；各独立机关首长皆采取任期制，不随内阁改组而有所变动。
Remove ads法源依据
规范中央行政机关整体架构的法律，除了《中华民国宪法》、《中华民国宪法增修条文》之外，主要以《行政院组织法》和《中央行政机关组织基准法》作为准则，并以《中央政府机关总员额法》规范各机关的员额总数。
依照目前修订版本《行政院组织法》第三、第四、第五条的规定，行政院设有内政部、外交部、国防部、财政部、教育部、法务部、经济部、交通部、劳动部、农业部、卫生福利部、环境部、文化部、数位发展部及运动部；国家发展委员会、大陆委员会、金融监督管理委员会、海洋委员会、侨务委员会、国军退除役官兵辅导委员会、原住民族委员会、客家委员会及国家科学及技术委员会等。依同法第六、七、八、九条的规定，行政院设有行政院主计总处、行政院人事行政总处、中央银行、国立故宫博物院。另设中央选举委员会、公平交易委员会及国家通讯传播委员会等3个相当中央二级独立机关，组织层级上与前述各部会相同，但其职权相对独立，原则上不受行政院控制。
另外，依照《国家运输安全调查委员会组织法》第一条规定，行政院设置国家运输安全调查委员会；依照《政党及其附随组织不当取得财产处理条例》第二条规定，行政院设置不当党产处理委员会；依照《核能安全委员会组织法》第一条规定，行政院设置核能安全委员会，三者皆为相当中央三级独立机关。
Remove ads层级架构
根据《中央行政机关组织基准法》，中华民国中央行政机关的层级架构如下：
更多信息 级别 机关名, 内部单位名称 ...
级别机关名
内部单位名称
性质
1 行政院
处、室、会
国家最高行政机关，协调各部会的运行与政策统合
2 部、委员会、总处
司、处、室
实际负责政务的施行
3 署
组、处、室
拥有自行规划政策的权力，职权较局为大[1]
4 分署
科、处、室
3 局
组、处、室
执行上级机关交办业务
4 分局
科、处、室
# 独立机关（委员会）
处、室
关闭
但因部分机关的组织法规尚在进行修改，中央行政机关的实际层级架构较为混杂：
更多信息 级别 | 机关名, 内部单位名称 ...
级别 | 机关名
内部单位名称
1 行政院
处、室、会
2 委员会
组、处、室
2 部、委员会、总处
司、处、室
3 署、局
组、处、室
4 分署、分局
科、处、室
# 独立机关（委员会）
处、室
关闭
机关列表
现行机关
中央二级机关
标示粗字体者，其首长为内阁成员，有出席参加行政院会议之权利及义务。下附部会所属的中央三级机关（不含事业机构），依照其类型与最初创立或改组时间（含1949年政府迁台前）排列。
更多信息 名称, 最初创立时间 ...
名称
最初创立时间
年度预算额（新台币）（民国114年度）[2]
备注
行政院
1928年10月25日
1,336,857,000元
行政院本部及附属部会组织跟独立机关以及其他机构
行政院人事行政总处
1967年9月16日
2,318,478,000元
原 行政院人事行政局
公务人力发展学院
2017年7月7日
254,902,000元
原 行政院人事行政局公务人力发展中心、行政院人事行政总处地方行政研习中心
行政院主计总处
1931年
1,440,980,000元
原 行政院主计处
行政院公共工程委员会
1995年7月20日
526,495,000元
内政部
1912年1月3日
12,458,591,000元
原 清代民政部、北京政府内务部
国土管理署
1981年3月2日
85,048,540,000元
原 内政部营建司、内政部营建署
警政署
1946年8月15日
32,180,376,000元
原 内政部警察总署
消防署
1995年3月1日
5,557,127,000元
原 内政部警政署消防组
移民署
1952年
5,448,919,000元
原 内政部入出国及移民署
国家公园署
2023年9月20日
3,305,749,000元
中央警察大学
1936年9月1日
1,324,986,000元
原 中央警官学校
建筑研究所
1995年10月30日
285,774,000元
空中勤务总队
2005年11月9日
2,083,236,000元
原 内政部警政署空中警察队
外交部
1912年1月3日
29,016,388,000元
原 清代外务部
领事事务局
1992年
1,470,664,000元
外交及国际事务学院
2012年9月1日
100,070,000元
原 外交部外交领事人员讲习所
国防部
1946年6月1日
1,615,010,000元
原 国民政府军事委员会、军政部、国防最高委员会
全民防卫动员署
2022年1月1日
465,981,480,000元
原 国防部全民防卫动员室、参谋本部作战计画室、国防部后备指挥部
政治作战局
1923年
原 国防部总政治作战部
军备局
2002年3月1日
原 军备局规划组、军备局筹备室
军事情报局
1928年
原 国民政府军事委员会调查统计局
主计局
2002年3月1日
军医局
2002年3月1日
原 参谋本部军医局
参谋本部
1946年
原 中华民国参谋部
陆军司令部
1912年
原 北京政府陆军部
海军司令部
1912年
原 海军部
空军司令部
1921年
原 国民政府军事委员会航空司令部
宪兵指挥部
1932年
原 国防部宪兵司令部
资通电军指挥部
2017年7月1日
原 资电作战指挥部
国防部总督察长室
2013年
原 国防部联合作战委员会、国防部联合作战训练部、国防部联合作战训练暨督察部
国防大学
1906年
原 清代陆军军官学堂、清代陆军预备大学堂、陆军大学、三军联合参谋大学、三军联合大学、三军大学
中正国防干部预备学校
1976年5月16日
原 陆军军官学校预备学生班、陆军军官预备学校、海军军官学校预备学生班、空军幼年学校、空军预备学校
军事院检单位
财政部
1912年1月3日
13,233,698,000元
国库署
1911年
113,337,547,000元
原 财政部国库司
赋税署
1950年5月
18,535,039,000元
原 财政部地方财政司、国税署、田粮署
关务署
1854年
7,430,748,000元
原 海关总税务司署、财政部关税总局
国有财产署
1960年12月12日
3,152,501,000元
原 财政部国有财产局
台北国税局
1967年7月1日
2,756,512,000元
原 财政部台北市国税局
高雄国税局
1979年7月1日
1,822,635,000元
原 财政部高雄市国税局
北区国税局
1992年7月1日
2,998,627,000元
原 财政部台湾省北区国税局
中区国税局
1992年7月1日
2,537,125,000元
原 财政部台湾省中区国税局
南区国税局
1992年7月1日
1,992,997,000元
原 财政部台湾省南区国税局
财政资讯中心
1968年5月
2,152,767,000元
原 财政部财税资料中心
教育部
1912年1月3日
181,889,754,000元
原 国民政府教育行政委员会、大学院
国民及学前教育署
2013年1月1日
166,511,995,000元
原 教育部中部办公室、台湾省政府教育厅业务移拨
青年发展署
1966年1月28日
1,884,839,000元
原 行政院青年辅导委员会
国家教育研究院
2011年3月30日
620,427,000元
原 国立编译馆、国立教育资料馆、国家教育研究院筹备处
国家图书馆
1940年8月1日
1,965,508,000元
国立公共资讯图书馆
1923年
175,866,000元
国立教育广播电台
1960年1月4日
232,315,000元
法务部
1928年11月16日
2,756,630,000元
原 司法行政部
廉政署
2011年7月20日
493,842,000元
原 法务部政风司、法务部中部办公室
矫正署
2011年1月1日
16,343,275,000元
原 法务部矫正司
行政执行署
2000年1月1日
1,940,587,000元
原 行政执行法研究修正委员会
最高检察署
1928年11月
172,941,000元
原 最高法院检察署
台湾高等检察署及分署
1896年
2,552,979,000元
原 台湾高等法院检察署
台湾各地方检察署
12,592,930,000元
福建高等检察署金门检察分署
1951年
24,201,000元
原 福建高等法院厦门分院检察处、福建高等法院金门分院检察署
福建各地方检察署
91,575,000元
调查局
1927年
7,193,940,000元
原 中国国民党中央执行委员会调查统计局
司法官学院
2013年7月1日
483,269,000元
原 法务部司法官训练所
法医研究所
1998年7月1日
179,491,000元
经济部
1912年1月3日
29,732,053,000元
原 临时政府实业部、北洋政府农商部、国民政府农矿部、全国经济委员会
产业发展署
1970年2月25日
12,857,242,000元
原 经济部工业局
国际贸易署
1969年1月1日
2,623,493,000元
原 经济部国际贸易局
水利署
1947年7月1日
38,543,349,000元
原 经济部水利处、经济部水资源局、台湾省政府水利处业务移拨
标准检验局
1930年
2,505,558,000元
原 经济部商品检验局、经济部中央标准局
智慧财产局
1927年
1,691,569,000元
原 经济部中央标准局
能源署
1979年1月11日
12,077,086,000元
原 经济部能源局
地质调查及矿业管理中心
2023年9月26日
970,949,000元
原 经济部矿务局、经济部中央地质调查所、台湾省政府建设厅矿务局业务移拨
产业园区管理局
1966年12月3日
827,212,000元
原 经济部加工出口区管理处
中小及新创企业署
1981年1月
5,262,977,000元
原 经济部中小企业处
商业发展署
1916年
2,594,447,000元
原 经济部商业司
交通部
1912年1月3日
50,892,592,000元
原 清代邮传部
民用航空局
1947年1月20日
522,262,000元
原 航空主管官署
中央气象署
1941年
2,516,125,000元
原 交通部中央气象局
观光署
1971年6月24日
5,279,709,000元
原 交通部观光局
航港局
2012年3月1日
4,034,943,000元
高速公路局
1970年6月8日
原 交通部台湾区国道高速公路局、交通部台湾区国道新建工程局
铁道局
2018年6月11日
22,464,679,000元
原 交通部铁路改建工程局、交通部高速铁路工程局
公路局
1943年4月
65,673,300,000元
原 交通部公路总局、台湾省政府交通处公路局业务移拨
运输研究所
1970年8月1日
459,933,000元
原 交通部交通研究所、交通部运输计划委员会
文化部
1981年11月11日
17,989,999,000元
原 行政院文化建设委员会
文化资产局
2007年10月1日
3,580,687,000元
原 行政院文化建设委员会文化资产总管理处筹备处
影视及流行音乐产业局
2012年5月20日
2,596,840,000元
原 行政院新闻局广播电视事业处、电影事业处、出版事业处（有声出版科）
国立传统艺术中心
2002年1月28日
1,028,272,000元
原 国立台湾传统艺术总处筹备处
国立台湾美术馆
1988年6月26日
672,397,000元
原 台湾省立美术馆
国立台湾工艺研究发展中心
1954年7月
672,397,000元
原 南投县工艺研究班、南投县工艺研习所、台湾省手工业研究所、国立台湾工艺研究所
国立台湾博物馆
1908年
309,375,000元
原 台湾总督府民政部殖产局附属博物馆、台湾总督府博物馆、台湾省立博物馆
国立台湾史前文化博物馆
1990年2月1日
281,293,000元
国家人权博物馆
2018年3月15日
396,541,000元
国立台湾历史博物馆
2011年10月29日
302,630,000元
国立台湾文学馆
2003年10月17日
249,133,000元
蒙藏文化中心
2017年9月15日
原 蒙藏委员会蒙藏文化中心
卫生福利部
1971年3月17日
278,095,525,000元
原 行政院卫生署
疾病管制署
1999年7月1日
12,003,052,000元
原 行政院卫生署疾病管制局
食品药物管理署
2010年1月1日
3,391,261,000元
原 行政院卫生署食品药物管理局
中央健康保险署
1995年1月28日
17,732,441,000元
原 行政院卫生署中央健康保险局
国民健康署
2001年7月12日
11,101,382,000元
原 行政院卫生署国民健康局
社会及家庭署
1999年11月20日
46,483,408,000元
原 内政部儿童局
国家中医药研究所
1963年10月22日
258,846,000元
原 国立中国医药研究所
劳动部
1987年8月1日
285,937,162,000元
原 行政院劳工委员会
劳动力发展署
1981年3月2日
1,678,218,000元
原 内政部职业训练局、行政院劳工委员会职业训练局
职业安全卫生署
2014年2月17日
851,985,000元
原 行政院劳工委员会劳工安全卫生处
劳工保险局
1960年4月16日
3,663,922,000元
原 台湾省政府台闽地区劳工保险局
劳动基金运用局
2007年7月2日
245,929,000元
原 行政院劳工委员会劳工退休基金监理会
劳动及职业安全卫生研究所
1992年8月1日
303,844,000元
原 行政院劳工委员会劳工安全卫生研究所
数位发展部
2022年8月27日
2,108,258,000元
原 行政院资通安全处、国家通讯传播委员会通讯传播产业与辅导业务、交通部邮电司、经济部工业局部分业务、国家发展委员会资讯管理处部分业务合并
数位产业署
2022年8月27日
2,216,120,000元
资通安全署
2022年8月27日
752,966,000元
原 行政院资通安全办公室、行政院资通安全处
农业部
1948年10月1日
115,064,141,000元
原 中国农村复兴联合委员会、行政院农业发展委员会、行政院农业委员会
农粮署
1946年
5,218,498,000元
原 行政院农业委员会农粮署、台湾省政府粮食局业务移拨
渔业署
1984年7月20日
8,580,327,000元
原 行政院农业委员会渔业处、行政院农业委员会渔业署、台湾省政府农林厅渔业局业务移拨
农田水利署
2004年1月30日
9,619,452,000元
原 行政院农业委员会农田水利处、农田水利会、行政院农业委员会农田水利署
动植物防疫检疫署
1998年8月1日
2,566,372,000元
原 行政院农业委员会动植物防疫检疫局、台湾省政府农林厅检验局业务移拨
农业金融署
2004年1月30日
652,750,000元
原 行政院农业委员会农业金融局
林业及自然保育署
1945年10月
9,747,645,000元
原 行政院农业委员会林务局、国军退除役官兵辅导委员会荣民森林保育事业管理处、台湾省政府农林厅林务局业务移拨
农村发展及水土保持署
1961年4月11日
7,691,635,000元
原 行政院农业委员会水土保持局、台湾省政府农林厅水土保持局业务移拨
农业试验所
1895年8月
1,210,574,000元
林业试验所
1911年
801,539,000元
水产试验所
1929年
767,329,000元
畜产试验所
1940年
805,292,000元
兽医研究所
1904年
473,021,000元
农业药物试验所
1971年
608,578,000元
生物多样性研究所
1992年7月1日
267,857,000元
茶及饮料作物改良场
1903年
258,417,000元
种苗改良繁殖场
1913年11月11日
217,525,000元
桃园区农业改良场
1925年
278,052,000元
苗栗区农业改良场
1910年
221,860,000元
台中区农业改良场
1902年
285,626,000元
台南区农业改良场
1902年
294,274,000元
高雄区农业改良场
1903年
252,749,000元
花莲区农业改良场
1910年
249,792,000元
台东区农业改良场
1928年
180,177,000元
农业科技园区管理中心
2003年
926,203,000元
原 行政院农业委员会屏东农业生物技术园区筹备处
环境部
2023年8月22日
1,515,853,000元
原 行政院环境保护署
气候变迁署
2023年8月22日
564,987,000元
原 行政院环境保护署气候变迁办公室、温室气体减量管理办公室
资源循环署
2023年8月22日
1,047,591,000元
原 行政院环境保护署资源循环办公室、行政院环境保护署废弃物管理处、行政院环境保护署资源回收管理基金管理会
化学物质管理署
2023年8月22日
1,276,147,000元
原 行政院环境保护署毒物及化学物质局、行政院环境保护署环境卫生及毒物管理处
环境管理署
2023年8月22日
2,487,852,000元
原 行政院环境保护署环境督察总队、台湾省政府卫生处环境保护局业务移拨
国家环境研究院
2023年8月22日
547,542,000元
原 行政院环境保护署环境检验所、行政院环境保护署环境保护人员训练所
运动部
1997年7月16日
7,295,209,000元
原 国民政府体育委员会、行政院体育委员会、教育部体育署、教育部体育司
全民运动署
2025年9月9日
国家科学及技术委员会
1959年2月
65,462,838,000元
原 国家长期发展科学委员会、行政院国家科学委员会、中华民国科技部
新竹科学园区管理局
1980年12月15日
915,133,000元
原 行政院国家科学委员会科学工业园区管理局、科技部新竹科学工业园区管理局
中部科学园区管理局
2003年3月21日
526,481,000元
原 行政院国家科学委员会中部科学工业园区管理局、科技部中部科学工业园区管理局
南部科学园区管理局
2003年1月25日
1,585,249,000元
原 行政院国家科学委员会南部科学工业园区管理局、科技部南部科学工业园区管理局
国家发展委员会
2014年1月22日
3,414,152,000元
原 行政院经济建设委员会、行政院研究发展考核委员会
档案管理局
2001年11月23日
1,032,180,000元
原 行政院研究发展考核委员会档案管理局
法制协调处
1995年3月6日
原 国家发展委员会法制协调中心
侨务委员会
1926年10月
1,982,680,000元
客家委员会
2001年6月14日
4,180,322,000元
原 行政院客家委员会
客家文化发展中心
2012年5月12日
原 台湾客家文化中心筹备处
金融监督管理委员会
2004年7月1日
256,528,000元
原 行政院金融监督管理委员会
银行局
1981年
360,891,000元
原 财政部金融局
证券期货局
1960年9月1日
407,084,000元
原 财政部证券暨期货管理委员会
保险局
1981年
171,252,000元
原 财政部保险司
检查局
2004年7月1日
504,855,000元
原 中央银行金融业务检查处
国军退除役官兵辅导委员会
1954年11月1日
130,914,222,000元
原 行政院国军退除役官兵辅导委员会
退除役官兵职业训练中心
1974年1月
原住民族委员会
1996年12月10日
12,136,897,000元
原 行政院原住民族委员会
原住民族文化发展中心
2016年1月15日
110,888,000元
原 原住民族文化园区管理局
东埔活动中心
2021年
海洋委员会
2018年4月28日
1,123,197,000元
海巡署
2000年1月28日
28,008,058,000元
原 国防部台湾警备总司令部、行政院海岸巡防署
海洋保育署
2018年4月28日
814,495,000元
国家海洋研究院
2019年4月24日
2,512,283,000元
原 国家海洋研究院筹备处
大陆委员会
1991年2月7日
845,004,000元
原 行政院设计委员会、总统府光复大陆设计研究委员会、国家统一委员会、行政院大陆委员会、蒙藏委员会部分业务移拨
香港办事处
1997年7月1日
驻地名称“台北经济文化办事处”
澳门办事处
1999年12月20日
驻地名称“台北经济文化办事处”
中央选举委员会
1980年7月16日
472,651,000元
（独立机关）原 选举总事务所
公平交易委员会
1992年1月27日
356,326,000元
（独立机关）原 行政院公平交易委员会
国家通讯传播委员会
2006年2月22日
702,709,000元
（独立机关）原 交通部电信总局、行政院新闻局部分业务移拨
中央银行
1928年11月1日
（其他机构）原 清代大清银行、中国银行
国立故宫博物院
1925年10月10日
3,040,981,000元
（其他机构）原 国民政府中央逆产处理委员会、国立北平故宫博物院、国立中央博物院筹备处
关闭
中央三级独立机关
更多信息 名称, 设立时间 ...
名称
设立时间
年度预算额（新台币）（民国114年度）
备注
国家运输安全调查委员会
1998年5月25日
224,944,000元
（独立机关）原 飞航安全调查委员会
核能安全委员会
1955年
3,797,448,000元
（独立机关）原 行政院原子能委员会
不当党产处理委员会
2016年8月31日
40,588,000元
（独立机关）
关闭
Remove ads已解散之机关
更多信息 名称, 设立时间 ...
名称
设立时间
解散时间
备注
铁道部
1928年10月23日
1938年1月1日
原由交通部拆分，再并回交通部
农矿部、农林部
1913年
1914年
原先并入农商部，而后再恢复成立二级机关行政院农业委员会，之后再升格改制为农业部
粮食部
1947年4月
1949年3月
原先并入经济部，而后再复设置功能类似的行政院农业委员会农粮署（今农业部农粮署）
行政院消费者保护委员会
1994年1月11日
2012年1月1日
拆分为行政院消费者保护会与幕僚机关行政院消费者保护处
行政院新闻局
1947年5月2日
2012年5月20日
降编为行政院本部单位“发言人室”，多数业务由文化部与外交部、国家通讯传播委员会承接
行政院青年辅导委员会
1966年1月28日
2013年1月1日
降格为教育部青年发展署
行政院体育委员会
1997年7月16日
2013年1月1日
原先降格为教育部体育署，之后再升格为运动部
行政院经济建设委员会
1948年6月4日
2014年1月22日
与行政院研究发展考核委员会整并为国家发展委员会
行政院研究发展考核委员会
1969年3月
2014年1月22日
与行政院经济建设委员会整并为国家发展委员会
蒙藏委员会
1929年2月1日
2017年9月15日
原 清代理藩院、北洋政府蒙藏院；其业务由大陆委员会、文化部、外交部承接
内政部儿童局
1999年11月20日
2013年7月22日
拆分整并至卫生福利部社会及家庭署及卫生福利部保护服务司
行政院海岸巡防署
2000年1月28日
2018年4月28日
降格为海洋委员会海巡署
促进转型正义委员会
2018年5月31日
2022年5月30日
改设置“行政院推动转型正义会报”
关闭
Remove ads历史沿革
立国初期
南京临时政府
依照《中华民国临时政府组织大纲》设置，中华民国临时政府采总统制，中华民国临时大总统为国家元首兼政府首脑。
临时大总统下设内政、财政、外交、司法、教育、交通、实业、陆军、海军等9部，首长称为总长。
北洋政府
《中华民国临时约法》由中华民国参议院通过，3月11日公布实施，北洋政府成立新内阁；政府首脑为国务院国务总理，1914年5月1日《中华民国约法》通过后，改为大总统府政事堂国务卿，1916年6月29日申令仍遵行《中华民国临时约法》，国务卿恢复国务总理旧制。[3]
1912年3月12日：国务院下设内务、财政、外交、司法、教育、交通、工商、农林、陆军、海军等10部，首长称为总长。
1914年2月12日：国务院下设内务、财政、外交、司法、教育、交通、农商、陆军、海军等9部，首长称为总长。
1914年5月1日：总统府政事堂下设内务、财政、外交、司法、教育、交通、农商、陆军、海军等9部，首长称为总长。1916年5月8日改政事堂为国务院。
1916年6月29日：国务院下设内务、财政、外交、司法、教育、交通、农商、陆军、海军等9部，首长称为总长。
1927年6月20日：国务院下设内务、财政、外交、司法、教育、交通、农工、陆军、海军等9部，首长称为总长。1928年6月3日北洋政府结束，国务院自然解散。
Remove ads护法政府
此章节需要扩充。
1917年8月25日根据孙中山提议在广州召开“国会非常会议”，决定组织护法军政府（国家元首兼政府首脑），以维护《中华民国临时约法》，设中华民国军政大元帅（1人）、元帅（3人）。1918年5月20日依非常国会通过的《中华民国军政府组织大纲修正案》改组军政府，废除大元帅制，以七总裁取代大元帅（一人为主席总裁）。1921年4月2日非常国会取消军政府，声称组织正式中华民国政府，国家元首为中华民国大总统。1923年3月1日重组政府，国家元首为海陆军大元帅；1925年7月1日依《国民政府建国大纲》改组国民政府。
1917年9月1日：大元帅府下设外交、内政、财政、陆军、海军、交通6部，首长称为总长。
1921年5月5日：总统府下设内务、外交、财政、陆军、海军、参谋6部，首长称为总长。
1923年3月1日：大本营下设外交、财政、内政、军政、建设5部，首长称为部长。
训政时期
此章节需要扩充。
1925年7月1日，中国国民党在广州成立国民政府，最高决策机关为国民政府委员会，采取合议委员制，设十六人为委员（一人为主席）；另设国民政府军事委员会，设常务委员（一人为主席）。1927年2月21日国民政府迁往武汉期间，以中国国民党中央执行委员与国民政府委员临时联席会议作为临时领导机构，设联席会议主席一人；国民政府暂驻武汉期间不设主席，以常务委员五人决议。同年4月18日，以蒋中正等人为首的国民党反共派于在南京另立“国民政府”，亦采委员会制（十二人，一人为主席），至8月19日，宁汉两方改以南京之国民政府为主体。
1928年2月7日，中国国民党二届四中全会通过决议改组国民政府，国民政府由中国国民党中央执行委员会监督，政府委员由中国国民党中央委员会选举，国民政府与军事委员会各设主席一人。1928年10月北伐结束，国民政府公布修正《中华民国国民政府组织法》，国民政府由行政院、立法院、司法院、考试院、监察院组成，设主席一人（兼任陆海空军总司令），委员十至十二人，并在全国施行“训政”。1932年1月28日一二八事变后，复设国民政府军事委员会；1937年卢沟桥事变后的9月，国民政府军事委员会成为事实上的政治行政权力中心，国民政府主席地位类似虚位元首，直至抗战结束后缩编军事委员会。
1927年4月18日：国民政府下设财政、外交、民政、司法等4部，以及大学院。
1928年2月7日：国民政府下设内政、外交、财政、交通、司法、农矿、工商等7部，以及军事委员会、最高法院、监察院、大学院。
1928年10月：行政院下设内政、外交、军政、财政、农矿、工商、教育、交通、铁道、卫生等10部。
宪政时期
行宪后，1948年5月20日依《中华民国宪法》规定以国民大会、总统和五院体制正式取代国民政府。
行宪后
1947年
3月31日：计画行政院下设14部3会，内政、外交、国防、财政、工商、教育、交通、司法行政、农林、邮电、劳动、水利、地政、卫生部，以及资源、蒙藏、侨务委员会，以及不管部会的政务委员。院本部设秘书处、诉愿审议委员会、会计处、统计室、人事室。
4月22日：计画行政院下设15部3会1局，内政、外交、国防、财政、经济、教育、交通、司法行政、农林、邮电、社会、粮食、水利、地政、卫生部，以及资源、蒙藏、侨务委员会与新闻局，以及不管部会的政务委员。院本部增设法规委员会。
12月25日：计画行政院下设14部3会1局1处，内政、外交、国防、财政、工商、教育、交通、司法行政、农林、社会、粮食、水利、地政、卫生部，以及资源、蒙藏、侨务委员会与新闻局和主计处，以及不管部会的政务委员。
1948年5月13日：行政院下设15部3会1局，内政、外交、国防、财政、教育、司法行政、交通、工商、农林、粮食、社会、水利、地政、卫生、主计部，以及资源、蒙藏、侨务委员会与新闻局，以及不管部会的政务委员。院本部会计处改会计室。
政府迁台后
1949年3月21日：行政院下设8部2会1处，内政、外交、国防、财政、经济、教育、司法行政、交通部，以及蒙藏、侨务委员会与主计处，以及不管部会的政务委员。
1952年11月20日，复设新闻局。
1954年11月1日，新设行政院国军退除役官兵就业辅导委员会（2002年更名“行政院国军退除役官兵辅导委员会”，2013年摘除前衔）。
1955年5月16日，新成立“行政院原子能委员会”。
1959年2月，新成立“行政院国家科学委员会”。
1963年9月美援会改组成“行政院国际经济合作发展委员会”（1973年8月改组为“行政院经济设计委员会”，1977年12月合并行政院财经小组改为“行政院经济建设委员会”）。
1965年11月12日，复设国立故宫博物院。
1966年1月28日，新设行政院青年辅导委员会。
1967年9月16日，新设行政院人事行政局。
1969年3月，行政改革研究会改组成立行政研究发展考核委员会。
1971年3月17日，内政部卫生司升格为行政院卫生署。
1979年3月16日，农复会改组为行政院农业发展委员会，恢复中央行政层级的农业部门。11月8日，中央银行由总统府改隶属行政院。
1980年7月1日，司法行政部更名为法务部。
1981年11月11日，新设行政院文化建设委员会。
1987年
8月1日，恢复设置行政院劳工委员会为中央行政层级的劳工部门。
8月22日，行政院卫生署环境保护局升格为行政院环境保护署。
1992年1月27日，新设行政院公平交易委员会。
1994年7月1日，新设行政院消费者保护委员会。
1995年7月20日，新设行政院公共工程委员会。
1996年12月10日，新设行政院原住民委员会（2002年1月1日更名为“行政院原住民族委员会”）。
1997年7月16日，教育部体育司与国民体育委员会整并为行政院体育委员会。
1998年5月25日，新设航空器飞航安全委员会（2001年5月23日改组为行政院飞航安全委员会）。
2000年1月28日，国防部军管区司令部暨海岸巡防司令部、内政部警政署水上警察局、财政部关税总局缉私船队整并成立行政院海岸巡防署。
2001年6月14日，新设行政院客家委员会。
2004年7月1日，新设行政院金融监督管理委员会。
2006年2月22日，新设国家通讯传播委员会。
组改实施后
2010年2月3日：行政院组织再造计画行政院下设14部11会2总处2所属机关，内政、外交、国防、财政、经济及能源、教育、法务、交通及建设、劳动、农业、卫生福利、环境资源、文化、科技部，以及国家发展、金融监督管理、海洋、大陆、侨务、原住民族、客家、国军退除役官兵辅导委员会以及中央选举、公平交易、国家通讯传播委员会（3独立机关），行政院主计总处、行政院人事行政总处、中央银行、国立故宫博物院，以及7至9名不管部会的政务委员。院本部增设消费者保护处、性别平等处、发言人室。
2012年
1月1日，组织再造开始实施，首先改制者为行政院本部、法务部、国立故宫博物院、中央选举委员会、中央银行，跟行政院客家委员会改组为“客家委员会”以及行政院消费者保护委员会改组为“行政院消费者保护会”（业务移置院本部设“消保处”）。
2月6日，行政院主计处改制为“行政院主计总处”、行政院人事行政局改制为“行政院人事行政总处”、以及行政院公平交易委员会改组为“公平交易委员会”。
5月20日，行政院文化建设委员会升格为“文化部”，行政院飞航安全委员会改组为“飞航安全调查委员会”（降级为行政院直辖三级机关），以及行政院新闻局裁撤降为院本部的“发言人室”。
7月1日，行政院金融监督管理委员会改组为“金融监督管理委员会”。
2013年
1月1日，行政院青年辅导委员会与行政院体育委员会分别降级为“教育部青年发展署”与“教育部体育署”。
7月23日，行政院卫生署升格为“卫生福利部”。
11月1日，行政院国军退除役官兵辅导委员会改组为“国军退除役官兵辅导委员会”。
2014年
1月22日，行政院经济建设委员会整并行政院研究发展考核委员会改组为“国家发展委员会”。
2月17日，行政院劳工委员会升格为“劳动部”。
3月3日，行政院国家科学委员会升格为“科技部”。
3月26日，行政院原住民族委员会改组为“原住民族委员会”。
2016年
9月1日，新设三级独立机关“不当党产处理委员会”。
2017年
9月15日，蒙藏委员会业务并入行政院大陆委员会、文化部、外交部。
2018年
4月28日，新设“海洋委员会”，行政院海岸巡防署降级为“海洋委员会海巡署”。
5月31日，新设“促进转型正义委员会”独立机关。
7月2日，行政院大陆委员会更名为“大陆委员会”。
2019年
8月1日，飞航安全调查委员会改组为“国家运输安全调查委员会”。
2022年
5月31日，促进转型正义委员会[4]（任务结束，改由内政部、法务部、文化部、卫生福利部、教育部、国家发展委员会等六个部会承接业务）。
7月27日，科技部降级为“国家科学及技术委员会”。
8月27日，新设“数位发展部”。
2023年
8月1日，行政院农业委员会升格为“农业部”。
8月22日，行政院环境保护署升格为“环境部”。
9月15日，交通部内部机关改制。
9月20日，内政部内部机关改制。
9月26日，经济部内部机关改制。
9月27日，行政院原子能委员会降级改制为核能安全委员会（降级为行政院直辖三级机关）。
2025年
9月9日，教育部体育署升格为“运动部”。
未来发展
主条目：行政院功能业务与组织调整
在1949年（民国38年）政府迁台后修正的《行政院组织法》中，明文设置的中央行政机关仅有8部2会，但随著社会的发展，早已不足以应付政府运作的需求，故自1970年代起，行政院以其附属之委员会、局、署的形式来扩增中央部门；但这些机关的设置法源不但未与中央行政机关的母法——《行政院组织法》相对应，过多的组织机关反而不利于政务的推行，例如行政院属下具有部会地位的委员会，一度高达21个之多。
有鉴于此，行政院自1990年代起著手规画进行组织改造计画。经过20多年的讨论与规画，首先于2004年6月23日公布制定《中央行政机关组织基准法》，确定行政院及各部会组织规模及部会数目上限，并展开《行政院组织法》修正任务；2010年陆续修正《行政院组织法》、《中央行政机关组织基准法》、《中央政府机关组织总员额法》及《行政院功能业务与组织调整暂行条例》（现 行政院功能业务与组织调整条例）（合称“政府组织再造四法”），中央行政机关的组织调整计画（法定名称为行政院功能业务与组织调整）则自2012年1月1日起开始陆续实施，预计最终调整为15部、9会、3独立机关、4其他机构以及2个三级的独立机关，总计33个机关。
注释
[注 1]此统计包含二级和三级机关，并随行政院组织改造进程而改变。
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